Participativo e colaborativo, o processo de elaboração da BNCC teve início em 2015, com um grupo de mais de 100 redatores, liderados pelo MEC, com parceria com Conselho Nacional de Secretários de Educação (Consed) e União dos Dirigentes Municipais de Educação (Undime). No mesmo ano, a primeira versão do documento entrou em consulta pública, quando recebeu 12 milhões de contribuições de professores, escolas, secretarias e sociedade em geral. Em 2016, a segunda versão da BNCC foi discutida em seminários estaduais organizados pelo Consed e pela Undime em todo o país, com a participação de 9 mil professores e gestores. Em abril de 2017, o MEC encaminhou a terceira versão ao CNE, que realizou cinco audiências públicas nacionais e recebeu mais de 300 documentos sugerindo melhorias. Em dezembro de 2017, o CNE aprovou e o MEC homologou a BNCC da Educação Infantil e Ensino Fundamental (Parecer 15/2017 e Resolução 2/2017).
A parte da BNCC para o Ensino Médio foi finalizada depois da parte do Ensino Fundamental e da Educação Infantil por conta da reforma do Ensino Médio, que aconteceu em 2016, quando o texto da BNCC para toda a Educação Básica estava em sua segunda versão. A Lei do Novo Ensino Médio alterava a estrutura desta etapa de ensino e a BNCC precisaria acompanhar essas mudanças. Para não afetar as outras partes da BNCC, decidiu-se, então, esperar para concluir a redação da parte do Ensino Médio. Assim, a parte do Ensino Médio foi homologada somente em dezembro de 2018. Apesar disso, o documento é um só, regido pelas mesmas 10 competências gerais.